La instauración de los Laboratorios Nacionales responde al Programa de Laboratorios Nacionales que otrora coordinó el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Conacyt. Los Laboratorios Nacionales se caracterizan por funcionar como una unidad de investigación especializada, cuentan con tecnología de vanguardia que permite a los grupos de investigación ser competitivos a nivel nacional, regional e internacional. Son compartidos con otras instituciones nacionales y en algunos casos internacionales, y generalmente cuentan con la participación de varias entidades dentro de la UNAM. Los recursos para su creación y consolidación han sido obtenidos a través de las convocatorias del entonces Conacyt, Conahcyt y ahora la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI), en conjunto con fondos concurrentes de la propia UNAM, y en algunos casos con participación internacional.

En estos laboratorios se forman recursos humanos de alto nivel, su trabajo se vincula con la sociedad y buscan alcanzar la sostenibilidad financiera. Actualmente las convocatorias denominadas “Proyectos articulados en los Laboratorios Nacionales para la atención de temas prioritarios, 2025” trabajan bajo seis líneas estratégicas: energía, agua y sostenibilidad hídrica, alimentación y economía sostenible, salud, tecnologías disruptivas, transversales y de frontera, cambio climático y medio ambiente.