El LNMA surge ante la inquietud de ofrecer servicios de microscopía de calidad a la comunidad del IBt y ampliar las capacidades de los equipos en dicha entidad. El laboratorio se crea en el año 2010 como resultado de su aprobación dentro de la convocatoria para Laboratorios Nacionales del Conacyt y con apoyo de la Universidad Nacional a través de la Coordinación de la Investigación Científica.