El LNMA surge ante la inquietud de ofrecer servicios de microscopía de calidad a la comunidad del IBt y ampliar las capacidades de los equipos en dicha entidad. El laboratorio se crea en el año 2010 como resultado de su aprobación dentro de la convocatoria para Laboratorios Nacionales del entonces Conacyt, y con apoyo de la Universidad Nacional a través de la Coordinación de la Investigación Científica.

Ubicado al interior del Instituto de Biotecnología de la UNAM, el LNMA inició operaciones en el 2013 con el objetivo de impulsar la cantidad y calidad de los proyectos de investigación apoyados por técnicas sofisticadas de microscopía óptica de alta especialización, que permiten ofrecer un servicio de primer nivel, tanto a la comunidad del Instituto, como a usuarios de otras instituciones académicas nacionales e internacionales, y al sector privado.

Actualmente, además de los servicios que ofrece en el ámbito académico y de investigación propia, el LNMA funciona también como una unidad comprometida con la docencia, la capacitación, la difusión y la divulgación de su trabajo.