En junio de 2005 el IBt crea la Unidad de Proteómica como respuesta a la necesidad de establecer un laboratorio de espectrometría de masas para el análisis de proteínas, al igual que como consecuencia del nivel de especialización técnica de sus integrantes y al incremento progresivo de la demanda de este tipo de análisis, tanto por parte de la comunidad universitaria como industrial.

En el año 2010 y gracias al apoyo para la adquisición de los equipos más importantes obtenido por parte de la Coordinación de la Investigación Científica y la Rectoría, la Unidad se convirtió en Laboratorio Universitario con el objetivo de realizar investigación y brindar servicios a la comunidad académica y al sector privado en el área de identificación y caracterización de proteínas, a la vez que forma recursos humanos altamente capacitados en el área de análisis proteómico.