Además de prestar servicios a usuarios internos y externos del IBt, el LUP desarrolla investigación propia que involucra el uso de metodologías relacionadas al estudio de proteínas de forma global.
Los proyectos realizados en el LUP involucran investigación sobre el comportamiento físico-químico de macro-iones en fase gaseosa, con especial interés en las características de fragmentación de péptidos a través de las técnicas de fragmentación por CID (Collision Induced Dissociation) y ETD (Electron Transfer Dissociation). Estas técnicas de fragmentación permiten estudiar con profundidad la estructura de proteínas que incluye secuenciación, identificación, caracterización de las modificaciones postraduccionales en residuos específicos, cuantificación de la expresión diferencial, labilidad y pérdidas neutrales, además de la detección de características de fragmentación únicas en fase gaseosa de ciertos residuos o dominios que permiten el desarrollo de programas computacionales mas inteligentes.
Asimismo, el LUP desarrolla un proyecto relacionado con el análisis proteómico de anfibios mexicanos, en donde el principal interés es la búsqueda racional de péptidos con actividad antibacteriana, antiparasitaria, antitumoral y antiviral. Para eso, se realizan extracciones in situ de especímenes nativos, sin necesidad de sacrificar a los animales que son inmediatamente devueltos a su hábitat natural. Los extractos totales son separados por cromatografía líquida y se realiza una huella digital de masas moleculares, lo que permite hacer un mapeo de la diversidad estructural de los recursos naturales presentes en la piel de los anfibios mexicanos. A partir del aislamiento de todos los componentes peptídicos se realiza su secuenciación, determinación de características estructurales y finalmente los ensayos biológicos.
El equipo con el que cuenta el LUP es: